Лилия Здравствуйте!
Это оба обязательных НПА. Приказ 428 не делает исключений для ж/д не общего пользования.
Игнорировать 29н можете только в том случае, если в нём нет ваших пунктов. Больше никак, на него ТК РФ ссылается. Собственно как и 428 приказ - такой же силы НПА только от другого ведомства. У моряков и в авиации такая же история.
И машинист тоже проходит по 428 приказу (п.26)
Просто вам нужно составить сложный график, по принципу как с центром профпатологий раз в 5 лет.
Тут будет так же, например раз в год по 29н и раз в 3 года по 428. Но 428 не отменяет 29н!