Tatiana Здравствуйте!
Протоколы у вас хранятся 5 лет (Приказ Росархива № 236 п.421), делаете с него копию, заверяете и ставите "Дубликат".
Удостоверение можно сделать, раз есть бланки. Уточните в вашем УЦ Положение о порядке оформления документов, оно должно быть и процедура подобных случаев должна быть прописана, чтобы не было разночтений от каждого специалиста.
Там может быть порядок выдачи удостоверений как новое с новым номером, так и под тем же номером с той же датой, просто "Дубликат".