Елена21 , здравствуйте.
В Реестре на сайте Минтруда вы указываете только тех работников, которых обучили по программам А,Б,В,ПП и СИЗ и оформили протоколы проверки знаний. Инструктажи сюда не входят.
Работник у Вас обучился, например, по программе Б. Вы внесли его данные в Реестр, получили номер, вставили этот номер в протокол, собрали подписи.