Если при реорганизации на рабочих местах присоединенного к вам юрлица не изменились условия труда, не изменился технологический процесс, то спецоценку проводить не надо. Вы делаете приказ о создании комисиии по спецоценке, вминяете ей в обязанности проверить необходимость проведения внеплановой СОУТ на присоединенных рабочих местах, далее составляете акт о том, что признаете действующей СОУТ на рабочих местах (перечисляете карты СОУТ присоединенной организации) действующими на рабочих местах образованных после слияния. Утверждаете акт приказом.
По поводу инструктажей и обучений. Тут надо смотреть каким образом сотрудники "попадут" во новь образованное слиянием юрлицо. Если им просто будут делать допники к уже имеющимся трудовым договорам, то ни инструктажи (вводный, первичный) ни повторное обучение им проводить не надо (это в том случае если техпроцесс и условия труда не изменятся). А вот если они будут переходить в образованное слиянием юрлицо через увольнение и прием, то тут полный набор - вводный, первичный, обучение. Этот момен с переходом работников надо вам уточнять в кадрах.
Что касается того, что только вы заносите в реестр минтруда. Тут два варианта - сделать это заранее (никто не запрещает работодателю провести обучение и проверку знаний чуть раньше графика), либо внести в реестр позже после выхода из отпуска. То что дата протокола будет раньше даты внесения в реестр, не противоречит закону, так как в 2464 не сказано в какой срок вносит данные в реестр.