Здравствуйте. Если головная организация одна,а обособок 5 допустим по разным адресам в пределах одного города. Расчетный счет один, директор один, ЭЦП одна, бухгалтерия одна, в каждом ОП заместитель директора. Комиссия по обучению будет в каждом ОП своя.
Протокол можно вносить в базу как от одной организации