Обязательных требований к оформлению профессиональных рисков не существует. Как в Вашем ЛНА определите, так и будет. Если у Вас два филиала полностью одинаковы по имеющимся рискам, то оформляйте одну. Только как Вы доводить будете? Работников же принимают филиалы, которые находятся в разных городах. В филиалах ответственные за ОТ назначены? Вот и пусть они карты оформляют на свои организации.А если учитывать специфику Вашей организации, медицинскую, то, если учитывать оборудование,и не только, то может у Вас и не будут в филиалах все рабочие места полностью идентичными.