Что-то подобное у нас было, но с продуктами на пищеблоке. Составили комиссионный акт о порче продукции (окончании срока годности), провели расследование, завиноватили того, кто считал объёмы для закупа (на него и повесили материальную ответственность + выговор).
Если можно вам по штатным клеткам наделать совместительство не ниже, чем на 0,5 ставки, то можно часть молока выдать таким образом.
Ну и не правовой вариант: раздать молоко всем, кому положено, разом, а по бумагам проводить, как положено (тут уж нужно смотреть отношение коллектива).