Как уже писали выше, вам следует занести его в реестр по каждой должности и каждой программе (итого девять строчек).
Но тут есть важный момент.
Продолжительность обучения так же следует увеличить соразмерно.
(Вы же отмечаете где то в своей документации время затраченное на обучение по каждому обучаемому?)
Если допустим у Вас обучается один человек (имеющий 8 часовую рабочую смену) с программами Б(16часов)+СИЗ(4часа)+ПП(8часов)=28 часов(+время на проверку знаний) то заносить в реестр информацию о прохождении обучения следует только на четвёртый день (с момента официального начала обучения).
А если у него три должности (и по сути три разных обучения) то и в реестр заносить необходимо позже соразмерно увеличенному количеству времени по различным программам. Вопрос в том, как его правильно высчитать.
По логике первая помощь для всех едина и наверное (но это не точно) есть возможность совместить это обучение по всем профессиям. Но программы СИЗ, и особенно Б у трёх разных должностей могут отличаться (но это уже как Вы в своём УЦ решили и официально утвердили).
Ваши программы Б и СИЗ универсальны и подходят для каждого обучаемого?
(В программе Б указаны все возможные риски и опасности, а в ходе обучения по СИЗ, обучаете применению различных СИЗ по каждой профессии?)