Если обнаружили только сейчас, то можно написать служебную записку, на основании этой служебной записки сделать приказ от руководителя, мол, в связи с выявлением нарушений обеспечить следующие процедуры (молоко, отпуск и т.д.) с ... числа, ответственными назначить следующих лиц (обычно за доп. отпуск ставят кадровиков, они делают доп. соглашение к ТД, прописывают вредные УТ, выплаты/отпуска и т.д.)
У нас так было много лет назад, к счастью, срок давности истек до проверок ГИТ.
А вот что делать, если была положена досрочная пенсия - звонить узнавать в СФР