Анна Да. У вас требуется указать численность по организации и в первом и во втором случае.
п. 2. Численность работников организации (предприятия), занятых на работах с вредными и (или) опасными производственными факторами
Это те, работники кто проходит в организации периодический медосмотр по вредным факторам (указан в СОУТ , класс 3.1, )
3 Численность работников организации (предприятия), занятых на работах, при выполнении которых обязательно проведение периодических медицинских осмотров.
Это работники, в организации кто проходит периодический медосмотр из за выполняемых работ (П.6.1, П.9, п.15 и др).