Вообще на каждый выявленный случай, т.е. умножить на кол-во работников, не прошедших МО.
Что касается штрафов за каждого сотрудника - как разъяснило постановление Пленума Верховного Суда России от 23 декабря 2021 г. N 45, фактическое допущение каждого работника к исполнению им трудовых обязанностей без прохождения обязательных осмотров подлежит квалификации в качестве отдельного административного правонарушения с назначением административного наказания, предусмотренного частью 3 ст. 5.27.1 КоАП РФ. То есть, штрафы при обнаружении правонарушения будут выписывать за каждого сотрудника, не прошедшего осмотр и не отстранённого от работы.