Вносите один и тот же протокол в реестр столько раз сколько у вас программ согласно 2464 (А, Б, В, СИЗ и ПП) даже если вы их все в одну объединили, просто при внесении записи вы каждый раз выбераете какую-то одну прграмму. А в протоколе в соответствующей графе вы записываете все регистрационные номера.