Сроки регистрации протокола в реестре не определены в постановлении, так что страшного в том что у вас расхождение в дате протокола и регистрации нет. Главное что бы разрыв в этих данных был не большим. У меня пару раз тоже было, что дата протокола раньше, чем дата регистрации (из-за отвратительной работы портала не смогла во-время загрузить). Сейчас я дату протокола подгоняю под дату регистрации.