Не считаю, что это область охраны труда.
Цитирую одну из статей: "В российском законодательстве отсутствует понятие служебного расследования как таковое. Его можно считать частью дисциплинарного производства, в котором детально описан порядок привлечения к ответственности за дисциплинарный проступок. Служебное расследование в отдельно взятой организации регламентируется правилами внутреннего трудового распорядка и внутренними нормативными актами (инструкциями, положениями)."
Считаю, если ущерб уж очень критичен, то занимается юр. отдел помогают остальные.
Если ущерб не критичен, то занимается непосредственно отдел, где закреплен работник. В этом случае советую ограничиться объяснительной + актом на оценку ущерба от независимых экспертов + служебной на возмещение с работника (если есть в планах возмещение).
И еще пять копеек вставлю. Если у Вас эта процедура не описана, то любой работник выиграет дело, если захочет оспорить, а если будет еще и хороший адвокат, то еще и с вашей компании.