Может просто храните бухгалтерские бумажки, или можно рядом с пунктом выдачи повесить лист (знаете как график уборки, только выдача молока) и пусть там сами ставят подписи, если сотрудники ответственные.
У нас когда еще не перевели на компенсацию выдавали под роспись, иногда даже фоткали.. но это скорее для отчетности в администрацию города было.
А в школе когда выдавали молоко просто галочки ставили напротив фамилии, проблем тоже не возникало.