Как работник будет готов к повторной аттестации по не сданной области, по новой делаете заявку в РТН, оплачиваете пошлину. У Вас на руках будет два протокола, первый с двумя сданными областями (А.1., Б.3.9.) и одной не сданной (Б.9.3.), после пересдачи, появиться второй протокол, если сдаст, то с областью Б.3.9.,
В пересдачи ничего страшного нет, главное чтобы бухгалтерия с работника не вычла с зарплаты повторные оплаченные пошлины в РТН (у нас бухгалтерия по этому поводу бурчит, поэтому мы стараемся и планируем сдавать не более двух областей аттестации в один день, если работник какую то область не сдает, у него есть возможность ее потом пересдать с другими областями). И из опыта работы, график аттестации обычно планируем и делаем (если у работника большое количество областей аттестации) аттестацию разбиваем на части (не больше двух) и сдачу планируем за 1,5 месяца, до окончания срока предыдущей аттестации. У работника есть время, что-то пересдать, а у нас (специалистов по ОТиПБ) шанс не делать ОРД по отстранению работника от руководства работами повышенной опасности по не сданной области аттестации.