Доброе утро!
Как в этом случае разрабатываться должна программа ПЭК и подаваться отчет, с учетом только источников выбросов и сбросов объекта НВОС 3 категории или мы должны суммировать источники и 3 и 4 категорий и отчитываться по двум объектам?
По объекту 4 категории программу разрабатывать не надо, более того, если вы посмотрите в личный кабинет в РПН, то скорее всего увидите, что объект 4 категории исключен из реестра, подать по нему какой либо отчет вы физически не сможете (ФЗ от 25.12.2023 № 622‑ФЗ, ПП РФ от 15.04.2024 № 473).
Поэтому ваша задача - сделать ПЭК на объект 3 категории (и только на него, ничего объединять с другими объектами не нужно!), предоставлять по нему отчеты.