Добрый день!
А нигде не прописано, что у вас должен быть журнал у каждого отдела свой, главное чтобы он был и записи были оформлены, а остальное - ваше желание и фантазия. Так что, если вам так комфортно, то оставьте один журнал, просто некоторым руководителям и специалистам удобно иметь везде свой журнал.
Ну, как пример, когда принято решение инструктировать офисный персонал, как правило, все они записаны в одном журнале, не смотря на то, что там работники и кадров, и бухгалтерии, и экономистов.
Если прям совсем не хочется встречаться с вопросами по этому поводу - пропишите в СУОТ, хотя я считаю, что это излишне, вы и так сможете это обосновать.