Rus_lan Вопрос первый. Проверку знаний проводили в составе: зам.председателя и два члена комиссии, в протоколе зам. председателя становиться председателем или остается как зам.председателя?
Это обязанность, а не должность (это должность не меняется из документа в документ). При проверке знаний нужно именно председать, а не замещать. В приказе зам. председателя, в протоколе председатель.
Вопрос второй. Проверку проводили в составе: председатель, зам.председателя и член комиссии, в протоколе зам.председателя становиться членом комиссии или остается зам.председателя?
При живом председателе не может быть замом председателя исходя из формулировки (её разбор внизу) п. 72 Постановление Правительства РФ от 24.12.2021 N 2464, если в комиссии 3 человека. Если 5+ человек то может быть и председатель и заместители (т.е даже не один заместитель, а целая орда заместителей).
То есть при живом председателе зампред может стать членом комиссии, если в протоколе вы не собираете более 3х человек.
В приказе отдельным пунктом укажите, что заместитель председателя главный инженер Борисов Б.Б. при проверке знаний в присутствии председателя выполняет обязанности члена комиссии.
(Если в протоколее более 3х человек, то он по прежнему может стать членом, но в этом уже нет смысла)
Это будет вполне нормальный пункт приказа, потому что тогда это будет правда и она не будет противоречить правилам и здравому смыслу. Нет причин списывать одно и тоже у друг друга, если вы состоянии сочинить и вписать правду сами (не противоречащую правилам и здравому смыслу)

При желании ознакомьтесь с формулировкой и сделайте свои выводы:
- ....у работодателя создаются комиссии по проверке знания требований охраны труда работников в составе не менее 3 человек - председателЯ, заместителЯ (заместителЕЙ) председателя (при необходимости) и членОВ комиссии.
Разбор формулировки:
1. Заместитель или заместители при необходимости, то есть их может не быть
2. После председателя запятая и слово "при необходимости" к нему не относится, т.е председать кто-то обязан
3. Множественное число у членов комиссии. Нет варианта "член" комиссии. При том, что для заместителя и заместителей отдельно отмечена возможность множественного числа. А для члена не отмечена возможность единственного числа. Т.е в протоколе на 3 рожи не может быть председателя, зампреда и одного члена
Итожа:
- Нельзя менять только наименование должности, а пришивать обязанности приказом можно как угодно не противореча правилам и здравому смыслу
- Самый не противоречещай вариант для протокола это председатель+член+член
или председатель+зампред+член+член+член