Проблемы с самой ЭЦП или Крипто ПРО. Истек срок действия ЭЦП, не установлены или устарели драйверы токена (Рутокен, JaCarta), некорректно работает КриптоПро CSP или плагин для браузера. Иногда помогает очистка кеша бразера.
Проверьте учетную запись руководителя в госуслугах в профиле организации, в разделе Сотрудники, какая у него роль там указана?