Не будет ли являться нарушением не сквозная нумерация 1,2,3,.... а например 260619/1Б, 260619/2Б, 260619/1С (дата сдачи наоборот (год, мес, день), и через дробь номер и буква в зависимости от типа программы?)
Не будет, это определяется вашим внутренним документом и ограничений нет
Нужен ли отдельный журнал для регистрации и учета выданных протоколов?
Не нужен. Требований вести такой журнал нет, можете завести, если удобно.
При проведении обучения и проверки знания вн.комиссией какие еще документы необходимо вести? Программа обучения, билеты - есть, нужен ли какой то журнал посещений или приказы?
ЛНА с назначением ответственных и определением порядка выполнения процедуры обучения нужны. Назначение ответственных - приказы, процедура может быть прописана в положении СУОТ. Журнал посещений тоже не обязателен, но если прописали в своей процедуре, то нужно вести.
Как вы проводите практические занятия? Какое оборудование или материалы (кроме печатных книг, пособий, плакатов) нужны? По СИЗ вроде понятно приобретаем то, чему обучаем (диэлектрические, страховочные СИЗ я так понимаю).
Манекен для оказания первой помощи, аптечка, коврик. Меры безопасности на рабочих местах в теории, если нужна практика, то организуем стажировку.