Людмила
Соглашайтесь на частичное возмещение (например, оплата услуг эксперта за переделку) только через подписание мирового соглашения или дополнительного соглашения к претензии, где вы не отказываетесь от претензий по качеству работ в целом, а лишь фиксируете частичную компенсацию.
Исправьте ошибку самостоятельно (или с другой компанией) и не ждите, пока виновник её исправит.
Согласно разъяснениям Роструда, при ошибке в декларации не нужно проводить СОУТ заново.
Вам необходимо подать корректирующую (уточненную) декларацию в ГИТ, исключив неверно задекларированные места.

Заявление юриста о том, что «сроки давности истекли», несостоятельно. Сроки по качеству оказанных услуг (СОУТ) начинают течь с момента обнаружения недостатков, особенно если они были скрыты.
Поугрожайте экспертам. Направьте повторную, официальную претензию (заказным письмом с описью) с требованием возместить расходы на устранение их ошибки. Укажите, что в случае отказа вы обратитесь:
- в ГИТ (жалоба на качество СОУТ);
- в Минтруд (для лишения экспертной организации аккредитации);
- в суд.
Я полагаю, что этого достаточно, чтобы компания оплатила переделку полностью.