С точки зрения приказа Минздрава России от 28.01.2021 № 29н, да, выдавать направления нужно обязательно, даже если медосмотр проходит в соседнем кабинете вашей же организации, и вести учет выданных направлений. Когда я работала в больнице, мы направляли в отделение профосмотров, которое было в штате больницы, поименные списки работников.