Просто установить график работы с перерывами и оставить его работать на той же должности не получится. В соответствии со ст. 76 ТК РФ, работодатель обязан отстранить от работы сотрудника при выявлении медицинских противопоказаний. Если по м/о не годен по конкретному фактору (у вас - тяжесть трудового процесса, фиксированная поза), вы не имеете права допускать его к этой работе ни на час, даже с перерывами.
Если вы модернизируете рабочее место, сделаете его более удобным и эргономичным, можно тогда провести внеплановую СОУТ. Если по результатам фактор будет снижен или исключен, то и противопоказание исчезнет.
По закону работодатель должен предложить все вакансии, подходящие работнику по здоровью (даже с меньшей з/п). Если вакансий совсем нет, а работать на старой нельзя, тогда увольнение по п. 8 ч. 1 ст. 77 ТК РФ (с выплатой пособия).