Екатерина, заносите всегда и всех как обучающая организация.
И для чужих сотрудников, и для своих (это не запрещено).
А с теми что вносили ранее ничего делать не надо, они уже в реестре.
У Вас в обоих случаях (хоть своих хоть чужих) указывается обучающая организация, и работодатель обученного (в случае с вашими работниками в обоих графах будет ваша организация).
После того как стали УЦ, про верхний "модуль" вообще можете забыть, там Вам ничего не надо.
Всё это же есть в "нижнем модуле".