Насколько я помню, для повторного занесения необходимы номера пакета по которому работника заносили ранее.
Повторное занесение делалось с целью восстановления Ваших (ранее занесённых) записей об обучении утраченных Минтрудом (больше года этого не делал, и возможно сейчас что то поменялось).
Так что либо переобучать (хотя бы формально) с повторным занесением в реестр.
Либо заносить сейчас (если в реестре ограничения не добавили). Тогда получится что информация об обученном в 2024 году работнике занесена в реестр с задержкой на год.
Это может вызвать вопросы у ГИТ, на которые рекомендую ответить честно: что не занесли из-за человеческого фактора (запутались, пропустили, ошиблись и т.п.).
Однако, что бы ГИТ имел основание Вас оштрафовать, надо что бы в оформлении проверки знаний на момент проверки было нарушение порядка 2464.
Но на момент проверки он у вас будет уже заполнен с номером из реестра.
Получается что и законных оснований для штрафа не будет.
Однако что бы исключить иные поводы для штрафов, рекомендую проверить наличие приказов об обучении данного сотрудника и отметки в табели учёта рабочего времени.