Эти моменты регулируются в договоре разграничением зон ответственности. Вам нужно подробно расписать эти моменты, желательно с привлечением юристов. Если в договоре аренды четко установлены обязательства Арендодателя по получению и ведению всей экологической документации, только Арендодатель несет ответственность
Причем, здесь должны быть учтены и выбросы, и отходы производства.
Если какой-либо момент не пропишите, то это автоматически попадает в зону ответственности Аредатора, как непосредственно эксплуатирующего объект негативного воздействия.