Если у Вас отсутствует председатель но есть зампредседателя то можно, тогда состав будет один зам и два члена комиссии.
Если у Вас отсутствует председатель и его зам то нельзя, потому что два члена в комиссии быть не могут, надо три.
Если у Вас три члена комиссии а председатель и его зам отсутствуют, то... так обычно не делают, но прямого запрета я не встречал, как и запрет на назначение (приказом о создании комиссии) второго зама (на случай отсутствия председателя и первого зама).