обучение будет оплачиваться как рабочий день, ну или допремируем сотрудников до уровня ЗП.
Правильный подход, тоже так делаем.
будет ли считаться обучение в пятницу 8 часов как переработка?
Судя по описанному Вами да.
Как у вас пятница 6 часов получилась? Из-за сокращения обедов в другие дни на полчаса?
Тогда попробуйте отметить в табеле все рабочие дни недели сопряжённые с датами обучения по 8 часов (включая те что под обучение), чтоб в неделю не выходило больше 40.
При этом, возможно есть вариант не менять фактический режим работы не обидев работников.
Уточните у УЦ, вполне возможно они там по факту не 8 часов в день обучают.