Ксения , здравствуйте.
Согласно ст.185 ТК РФ работнику при прохождении медосмотра в этот день за работником сохраняется средний заработок. Средний заработок рассчитывается по ст.139 ТК РФ.
Я рассуждаю так:
1) если этот день является рабочим днем для работника по графику, то за ним сохраняется средний заработок.
2) если это выходной день у работника по графику работ и он проходит в этот день МО, то работнику нужно оплатить этот день вдвойне (ст. 153 ТК РФ). И не забыть взять письменное согласие у работника о прохождении МО в выходной день.