В 2464 нет требований указывать структурное подразделение.
Так что это не обязательно (возможно в дальнейшем Минтруд опять займётся "самоуправством" и сделает эту графу обязательной, но пока это по желанию).
"Насколько мне известно, что даже при совмещении нескольких программ в одну, все равно регистрационные номера в реестре должны быть присвоены разные для каждой программы."
Подскажите, откуда такая информация?