Здравствуйте, минуя личный кабинет сразу по всем сотрудникам никак. Или выгружать как работодатель с личного кабинета, или каждого сотрудника отдельно забивать и по каждой программе отдельно скачивать выгрузку. Если обучались в учебном центре, то попросить чтобы они Вам по компании выгрузку прислали.