Сложностей нет. Как по мне, то всё интуитивно понятно.
Протоколы я вношу на каждую программу обучения отдельно.
Регистрационный номер в протокол берётся из реестра обученных. Т.е. вы забиваете данные в реестр, получаете номер и потом вносите его в свой протокол, после распечатали и подписали всеми участниками процесса.