Вроде как (запрета я не видел) протокол может быть един даже если там куча разных программ (а+б+в(десять штук)+ СИЗ+ПП), главное что бы на против каждого пункта каждой программы стояла подпись и номер из реестра (который присваивается после занесения туда данных).
Другое дело что если у Вас единая программа Б включающая ещё и вопросы ПП, то лично я не очень понимаю как быть с занесением в реестр.
Тут либо заносить только Б, и вписывать в протокол полученный номер из реестра, либо заносить отдельно как Б, и как ПП и вписывать в протокол оба полученных номера из реестра.