Смотря, как вы оформляли изменение. Если вы внесли изменения в СУОТ приказом с формулировкой вроде "внести изменения в СУОТ и изложить в следующей редакции", то менять не потребуется, т.к. старый приказ о вводе в действие СУОТ старой редакции действует (при условии, что в ЛНА, которые затрагивает СУОТ, нет ссылки на конкретные пункты положения). А если "признать утратившим силу Положение СУОТ от ... бла-бла-бла", то само собой, нужен новый приказ.