Я думаю, рисков особо не будет.
Человек фактически может и не появляться в РФ, а оформить трудовые отношения дистанционно. Также дистанционно и будет трудоустроен.
Весь треш и угар, связанный с миграционным учетом в этом случае его не постигнет.
Важно, при указании места работы - четко это прописать в ТД, что работник не имеет рабочего места по адресу регистрации ЮЛ, равно как и то, что договор дистанционный.
Один момент остается - это порядок перечисления з/п и удержания налогов. Вот тут надо подумать, потому что если работник работает на российскую компанию, то и НДФЛ тоже должен оставаться в РФ.