Екатерина Судя по тому , что вы изложили, вы напрасно провели данное обучение.
Во первых, если в удостоверении написано, что он допускается к работам в соответствии с производственными инструкциями (ПИ) это не документ (диплом, свидетельство) о присвоении квалификации , значит профессиональную подготовку для работника вы не организовали.
Во вторых, все удостоверения о допуске к работе оформляет работодатель, после проверки знаний той самой внутренней комиссией.