Две организации находятся на территории, окруженной забором? У вас у каждой организации свои объекты? Вот и назначайте своим приказом всех ответственных от своей организации по своим объектам.... При необходимости можете склепать совместный план действий при возникновении ЧС, который утверждают оба руководителя организации и подписывают оба.... или зама....или СОТ, как у вас определено. В любом случае, ответственность, допустим за пожарную безопасность всей организации в целом, несет руководитель организации. Хотя он и может делегировать часть своих полномочий специально назначенному сотруднику СВОЕЙ организации,т.е. ответственному за ПБ, если что за объекты своей организации он будет нести ответственность.