Указываете в одном протоколе программы обучения и часы по каждой, соответственно, будет столько же регистрационных номеров реестра. Не запрещено.
У меня так: "Провели проверку знаний требований охраны труда работников по программе №6 обучения безопасным методам и приемам выполнения работ при воздействии вредных и (или) опасных производственных факторов, источников опасности, идентифицированных в рамках специальной оценки условий труда и оценки профессиональных рисков в объеме 16 часов, по программе №7 предэкзаменационной подготовки по оказанию первой помощи пострадавшим в объеме 8 часов."