Наталья
Зависит от того какие программы вы определили данной категории работников своим внутренним приказом.
Если по утверждённому приказом внутреннему перечню у него только Б (в которую вы еще включили немного вопросов по ПП), то и в реестре проводите как Б.
Так же, в протоколе у этого работника должна быть только одна подпись - именно за программу Б.
(в графе с этой подписью вы и поставите номер полученный из реестра)