ekaterina
Если сотрудник уволен то Вам этот протокол не нужен.
Можете отставить его "на всякий случай" но писать туда что либо и тем более ставить подпись за уволенного не рекомендую.
За отсутствие документа подтверждающего обучение уже уволенного работника могут наказать в случае если он обратится в суд или в ГИТ с жалобой на бывшего работодателя. Тогда в ходе разбирательства теоретически (очень мало вероятно) у Вас могут попросить информацию по обучению. В этом случае Вам надо будет взаимодействовать с УЦ которые пояснят что обучение он прошёл, экзамен сдал, номер протоколу присвоили и выгрузили в реестр, но расписаться он не успел в связи с увольнением.
По сути прямого нарушения законодательства нет.
Более того, всё сделано именно в том порядке как вожделеет Минтруд.
Сначала результат проверки знаний занесли в реестр, затем распечатали протокол, и только после этого отдали на подпись проверяемому.