Если у Вас есть еще аналогичные должности (химики-технологи), то я бы разработала 2 инструкции, одну для химиков-технологов, а другую - для начальника и ознакомила бы начальника с обеими. Если он у Вас в одном лице, то сделала бы одну, где прописано будет всё. А вообще, мое мнение, как Вам удобно будет, не принципиально.