Была аналогичная ситуация.
После прошлогодних сбоев пропали данные самих сотрудников, соответственно и все сведенья о попытках.
Благо была своевременная выгрузка эксель файла в котором сохранились все необходимые данные и номера, на основании чего и заносили повторно. Ну и разумеется бумажные протоколы тоже были оформлены.
Но все данные сотрудников сдававших в ЕИСОТ пришлось заносить повторно и никакой истории сдачи не сохранилось.
Если Ваш УЦ делали выгрузки то смогут внести повторно.
На сайте Минтруда есть инструкция и сам файл для повторной загрузки в котором после повторного заполнения данных нужно поставить пометку в последней графе "Проверка знания требований охраны труда".
Если сотрудники УЦ не делали выгрузки (то есть восстановить не получится) но уже выдали Вам подписанные их комиссией протоколы на руки, и у вас нет работ у строгих заказчиков которые будут проверять вашего СОТа по реестру перед допуском на объект, то предлагаю не напрягаться, ведь ответственность за внесение лежит на УЦ.
Хотя возможно получится внести без указания "айди пакета" первичного занесения (сам не пробовал), в этом случае все необходимые для заполнения данные должны быть в бумажной версии протокола, и УЦ сможет занести данные даже если выгрузку не делали.