taniaduzhenkowa в обоих документах (29н и 342н) одна и та же фраза: "Работодатель (его уполномоченный представитель) организует учет выданных направлений, в том числе в форме электронного документа".
Теоретически запрета нет, обязательных полей нет, а требование будет выполнено.
Но я предпочитаю не смешивать. Во-первых, в общем журнале придётся писать каким-то образом куда выписываете направление. Во-вторых, в случае утери заключения будет сложнее искать, чтобы сделать запрос (у меня было такое и как раз в разных журналах я быстро нашла когда отправляли работника)