ОТПБГОЧСЭБЭкБПБВУ , здравствуйте.
Сейчас все отчеты по электронке отправляются, возможно что и штраф автоматом выписывают.
Раньше на усмотрение инспектора было, можно было как-то объяснить и попросить. Когда ещё работали по "Модулю природопользователя" и не было ЭЦП, то нужно было ждать статуса "Принят" отчета на этом сайте и нести в Росприроднадзор бумажный вариант отчета с кодовым номером для подписания. Один раз у меня получилось так, что ждала-ждала, а статус висит "На рассмотрении", позвонила уже в феврале, когда сроки вышли. Но ничего, объяснила почему так получилось, штрафа не было.
В любом случае, отправьте отчет как можно быстрее.